ファイルシステムについて教えて下さい。

http://okwave.jp/qa/q3612944.html ↑を読んだのですがよく理解できませんでした。 ファイルシステムはディレクトリを使って階層構造で管理するという認識なのですが メリット デメリット を含め、ご教授頂けないでしょうか？ 何卒よろしくお願いします。